Theo Đại Việt Sử Kí Toàn Thư: Vào năm Nhâm Tuất, Vua Lê Thái Tông trong đợt duyệt binh ở Chí Linh, Hải Dương và ở lại Côn Sơn Tự cùng Nguyễn Trãi. Sau đó vua lại đến Lệ Chi Viên, đi cùng vua có bà Lễ nghi Học sĩ Nguyễn Thị Lộ là một người thiếp của Nguyễn Trãi. Bà được vua mến vì nhan sắc mỹ miều cùng tài văn chương nên được vua lệnh cho theo hầu xa giá. Tối hôm đó vua thức cùng Nguyễn Thị Lộ đến đêm thì đột tử. Triều đình phán Nguyễn Thị Lộ tội giết vua và thi hành án tru di tam tộc đối với gia đình Nguyễn Trãi. Đến thời vua Lê Thánh Tông, Nguyễn Trãi chính thức được ban chiếu minh oan.
Về sau, nhiều nhà sử học lý giải về cái chết của vua Lê Thái Tông có thể là do Hoàng hậu Nguyễn Thị Anh đã sai người đầu độc thiên tử rồi vu cáo cho Nguyễn Thị Lộ. Ngay sau đó bà ta đưa Thái tử Bang Cơ mới 2 tuổi lên ngôi và chính thức bước lên chức Thái hậu thao túng cả triều đình rồi nhanh chóng tiêu diệt cái gai trong mắt là Nguyễn Trãi.
Truyền thuyết về rắn báo oán:
Ông Nguyễn Phi Khanh thấy đất gò Rùa ở làng Nhị Khê có vị trí tốt, ông liền xin phép dân làng cho cất lớp học. Được dân chấp thuận, ông lệnh cho các học trò đi dọn dẹp đất đai, chuẩn bị xây cất.
Đêm đó, ông nằm mơ thấy một người đàn bà hung dữ đến hỏi lý do tại sao ông lại phá nhà cửa của bà ấy. Tối hôm sau, ông lại tiếp tục mơ thấy người đàn bà, bà ta cầu xin ông hãy chờ thêm vài ngày nữa khi các con của mình cứng cáp rồi sẽ dọn đi. Sáng hôm sau, ông đồ Nguyễn đi hỏi các học trò xem có gì khác lạ hay không. Các học trò bảo rằng họ chỉ thấy một các tổ rắn và đã đập chết 3 rắn con để cho rắn mẹ chạy thoát. Một hôm khi ông đang đọc sách, con rắn bò trên xà ngang rồi nhỏ một giọt máu xuống trang sách, máu rơi ngay chữ “Tộc” và thấm tận ba lớp giấy.
Mấy mươi năm trôi qua, con rắn năm xưa nay đã trở thành xà tinh, mang oán khí trong mình nó quyết định biến thành mỹ nữ xinh đẹp đi tìm kẻ thù để đòi nợ máu. Lúc này Nguyễn Phi Khanh đã mất, chỉ còn lại người con trai là Nguyễn Trãi đang làm quan ở kinh thành. Xà tinh biết chuyện nên biến thành cô gái trẻ bán chiếu ở chợ. Nguyễn Trãi đi ngang thấy cô gái trẻ ăn mặc lam lũ nhưng lại đứng đọc cáo thị (ngày xưa phụ nữ bình dân không được đi học nên không thể nào biết chữ) nên lại gần hỏi chuyện, cô bán chiếu lanh lợi đối đáp rồi hai người cùng đối thơ với nhau. Cảm thấy Thị Lộ nhan sắc lại còn giỏi tài văn chương nên ngỏ ý mời nàng về phủ giúp việc hầu bút nghiên. Biết kế đã thành, Thị Lộ gật đầu. Sau một thời gian làm việc ở phủ cảm tình của Nguyễn Trãi càng sâu nặng nên cho lập làm thiếp.
Chuyện về người thiếp tài sắc vẹn toàn của Thừa chỉ Nguyễn Trãi truyền đi xa và đến tai vua, đúng lúc vua đang cần người hầu giảng sách nên cho đòi Thị Lộ vào cung hầu vua. Ngày ngày vua càng cảm mến tài đức của nàng nên phong cho chức Lễ nghi Học sĩ. Lại nói đến chuyện Thái hậu bị đau mắt rất nặng, các quan ngự y đều đau đầu nhức óc. Thị Lộ tâu vua rằng trước kia ở quê nhà có học đôi chút y thuật, xin vua cho phép được chăm sóc Thái hậu. Vua đồng ý, Thị Lộ vào thăm Thái hậu rồi thè lưỡi liếm lên mắt bà, người ta nói do nàng là rắn nên trong lưỡi có độc mà lấy độc trị độc thì bệnh ắt khỏi nên mắt của Thái hậu ngay lập tức lành lại.
Thị Lộ được vua trọng dụng nên được vua lệnh cho theo hầu xa giá ở vườn Lệ Chi (cũng có nơi nói là do Nguyễn Thị Anh thao túng, bắt Thị Lộ theo hầu). Cả đêm vua uống rượu cùng Thị Lộ, nàng nhân lúc vua sơ ý đã nhả nọc vào rượu để đầu độc vua (có bản ghi rằng vua bị đau lưỡi, nhớ lúc Thị Lộ chữa bệnh cho Thái hậu nên cho truyền nàng vào trị bệnh đau lưỡi, Thị Lộ dùng lưỡi liếm vào lưỡi vua rồi nhe nanh cắn vào lưỡi). Vua băng hà tại Lệ Chi viên, thi hài được đưa về triều đình, sau lệnh phát tang vợ chồng quan Thừa chỉ Nguyễn Trãi được triệu vào cung chịu tội giết vua rồi tống vào nhà lao.
Tương truyền vào lúc hành hình Thị Lộ, nàng xin đao phủ trước khi chết được tắm gội sạch sẽ. Ra đến sông, nàng hóa thành mãng xà lao xuống dòng nước bơi đi mất.
Sau khi Nguyễn Trãi được rửa oan, dòng dõi của ông chỉ còn sót lại duy nhất một người là Nguyễn Anh Vũ được phong làm sứ thần. Trong một lần đi sứ sang Trung Hoa, lúc thuyền đi ngang qua hồ Động Đình thì có mãng xà bơi theo. Nguyễn Anh Vũ biết chuyện nên chắp tay vái rằng xin cho hoàn thành sứ mạng với triều đình rồi sẽ cam mình chịu chết, vái xong rắn lớn liền lặn đi. Không lâu sau, khi trọng trách đã hoàn thành và trở về quê nhà, Nguyễn Anh Vũ lại đi qua hồ Động Đình. Rắn lớn nổi lên lao theo thuyền, ông rút dao lao xuống nước, cả người và rắn quấn lấy nhau, máu đỏ mặt hồ rồi cả hai chìm dần xuống.
Tóm lại, chỉ do mấy đứa học trò tài lanh sát sinh mà cả nhà thầy phải chịu hậu quả nặng nề.
